Dr. Saotome retorna dos mortos após ser aparentemente assassinado pelo piloto de Getter Nagare Ryoma e ameaça o mundo com sua criação final: o Shin Dragon. Ryoma relutantemente se junta a seus ex-co-pilotos Jin Hayato e Tomoe Mushashi para combater o Dr. Saotome. Os pilotos também devem lidar com os misteriosos Invasores, alienígenas que têm a capacidade de possuir humanos e distorcer sua carne para formar criaturas horríveis.