Depois de muitas dificuldades em sua vida, Chise Hatori acabou em um leilão, onde foi comprada e libertada pelo renomado Feiticeiro Thorn, Elias Ainsworth, apenas para ficar e se tornar seu aprendiz. Embora sua vida seja maravilhosa agora, a chegada de um livro ilustrado, "The Lonely Little Star, "traz de volta memórias daqueles tempos difíceis e da solidão que ela suportou. Quando criança, Chise passou por uma grande tragédia: a morte de sua mãe. Evitada e indesejada por amigos e parentes, ela viveu uma vida distante e lamentável. Contudo, a descoberta inesperada de uma biblioteca misteriosa na floresta fornece a ela um lugar temporário de consolo. Através da leitura de inúmeros livros e de passar tempo com a bibliotecária de bom coração, Chise lentamente começa a se sentir menos sozinha no mundo. Mas essa biblioteca peculiar poderia ter um lado mais sombrio?