Qualquer rede funciona em todo o mundo, e o desenvolvimento da rede de informações atinge seu apogeu. Nesta era, existem dois mundos desenvolvidos; "o mundo real" e "com fio", ou o mundo da rede virtual. Soma Toru pertence a um grupo de hackers, Steppen Wolf, que circula livremente pelo mundo da rede. Eles atacam o banco de dados das forças da ONU como seu último trabalho. Durante este ataque, ele perde Nonomura Yuya, seu amigo e também o líder da equipe. Toru é preso pelo exército. Em troca de deixá-lo livre, ele tem que trabalhar para uma organização anti-hacker, o primeiro esquadrão do Bureau de Administração de Informações da Força de Segurança da ONU.