3X3 Eyes é a história de um jovem chamado Yakumo Fuuji, que por meio de uma estranha série de eventos se torna o escravo imortal do último de uma raça de 3 demônios de olhos. O demônio absorve sua alma para salvar sua vida, tornando-o imortal no processo. Agora, ele começa uma jornada com o demônio feminino na tentativa de encontrar uma maneira de se tornar humano. É claro, há muitas complicações ao longo do caminho, sendo que a menos importante delas é que o demônio é uma mulher com dupla personalidade, uma dolorosamente fofa e a outra sendo um poder destrutivo sem sentido, e os romances que se desenvolvem entre eles.