No terceiro filme da quadrilogia Persona 3, os membros da SEES estão perto de terminar sua missão. Falta derrotar apenas mais um dos Sombras dos arcanos para que a Hora Negra e o Tártaro desapareçam. Mas será assim tão fácil? O terceiro filme foca muito mais nos dilemas e problemas pessoais dos personagens que nas batalhas em si, quando todos passam por momentos decisivos nas suas vidas. Amor, amizade, traição e o próprio sentido da vida são apenas alguns dos temas abordados ao longo da história.