Takashi Natsume e seu companheiro espiritual Madara, apelidado de "Nyanko", continuam retornando os nomes dos espíritos do Livro dos Amigos dado por sua falecida avó Reiko Natsume. Certo dia, ao voltar da escola, Takashi encontra um espírito à espreita chamado Monmonbou, que se lembra da avó de Takashi depois de ouvir seu nome. A curiosidade natural de Takashi o leva a explorar uma cidade misteriosa onde sua avó morava. Fazendo amizade com sua velha conhecida Yorie Tsumura e com o filho de Yorie, Mukuo, Takashi revela mais sobre o passado de sua avó.