Enquanto procura por Nyanko-sensei, Takashi Natsume encontra o manso e pequeno youkai Mitsumi. Mitsumi foi confiado por seu líder Gantetsu, um ayakashi poderoso e forte, para ser o "Ishi Okoshi" do ano, cujo papel consiste em acordá-lo de seu sono profundo. Vendo o quanto Mitsumi quer provar a si mesmo como um servo digno de Gantetsu, Natsume decide ajudá-lo a cumprir sua tarefa. No entanto, o tempo está se esgotando - pois eles não são os únicos que desejam despertar o ser divino.