Dois anos se passaram desde o fim da Quarta Grande Guerra Ninja. Konohagakure permaneceu em um estado de paz e harmonia - até que o Sexto Hokage Kakashi Hatake percebe que a lua está se aproximando perigosamente da Terra, representando a ameaça de ruína planetária. Em meio à terrível provação, Konoha é invadida por um novo mal, Toneri Oosutuski, que de repente sequestra a irmã mais nova de Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi despacha uma equipe ninja habilidosa composta por Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai e Hinata em um esforço para resgatar Hanabi das garras diabólicas de Toneri. No entanto, durante sua missão, a equipe enfrenta vários obstáculos que os desafiam, frustrando seus esforços.