Depois de ser capturado por tentar assassinar o líder de Kumogakure, o Raikage, e matar Jounin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto é preso em Houzukijou, uma instalação de contenção criminosa também conhecida como Prisão de Sangue. O mestre do castelo, Mui, usa o jutsu de prisão definitivo para roubar o poder dos prisioneiros. Neste lugar, algo está mirando na vida de Naruto. A batalha para provar sua inocência e descobrir a verdade começou para Naruto e seus amigos.