Designado para a missão de capturar Mukade, um ninja desaparecido, Naruto Uzumaki parte para as gloriosas ruínas históricas de "Ouran", onde persegue e encurrala o ninja rebelde. O objetivo de Mukade é revelado como uma linha ley dormente dentro das ruínas; ele libera o poder da linha ley, fazendo com que uma luz envolva Naruto, enviando-o ao passado, 20 anos antes do início da série. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com o Quarto Hokage, Minato Namikaze.