O ano é 2314 DC, dois anos se passaram desde a derrota dos Inovadores e a exposição dos crimes dos A-Laws contra a humanidade. Os A-Laws foram abolidos e sua infraestrutura integrada ao Exército da Federação da Esfera Terrestre. No entanto, a exposição mundial às partículas GN resultou no despertar de muitas pessoas como Verdadeiros Inovadores. O Ser Celestial voltou às sombras para reconstruir e observar tranquilamente a paz infantil. No entanto, uma sonda abandonada de uma expedição a Júpiter há 130 anos se aproxima da Terra trazendo consigo uma nova crise, que ameaça toda a humanidade. Enquanto o Ser Celestial inicia sua missão final para salvar a humanidade de uma ameaça inimaginável, Gundam Meister Setsuna F. Seiei está prestes a descobrir o verdadeiro propósito de sua evolução como um Inovador. Eólia Schenberg'