Embora o desejo de Sayaka Miki tenha sido realizado, as consequências imprevistas que vieram com isso a oprimiram, fazendo com que sua joia da alma fosse contaminada quando ela sucumbiu ao desespero e eventualmente perdeu sua humanidade. Homura Akemi revela a Kyouko Sakura e Madoka Kaname o destino final das garotas mágicas: uma vez que sua gema da alma é maculada, ela se transforma em uma Grief Seed, e elas renascem como bruxas - uma verdade que Homura aprendeu apenas repetindo a história inúmeras vezes em uma tentativa para evitar a tragédia de Madoka. Kyuubey só agrava seu desespero quando confessa suas verdadeiras intenções: aproveitar a energia criada por garotas mágicas e usá-la para prolongar a vida do universo. À medida que a ameaça de Walpurgisnacht, uma bruxa poderosa, paira sobre suas cabeças, Homura mais uma vez jura proteger Madoka e o mundo de um destino sombrio. Pego entre honrar o desejo de Homura e salvar o mundo, qual deles Madoka escolherá no final? Mahou Shoujo Madoka ★ Magic Movie 2: Eien no Monogatari é uma história de destino inevitável e um herói improvável que pode mudar tudo.