Um par de pesquisadores fica para trás em seu planeta moribundo de Eltria com suas duas filhas, Amitie e Kirie, na esperança de encontrar uma maneira de reviver o planeta. Mas quando o marido Granz adoece, parece que seu sonho de reviver o planeta vai morrer. Contra os desejos de sua irmã mais velha, Kirie sai com sua amiga de infância Iris em busca de ajuda em um distante mundo alternativo. Eles chegam ao Japão na Terra para procurar a chave para a regeneração de seu planeta. Lá, eles encontram Nanoha, Fate e Hayate.