Em 2059, cinco décadas após o conflito da Primeira Guerra Espacial visto na primeira história de Macross. Macross Frontier, a 25ª frota de colonização de longa distância da Nova Classe Macross, está viajando pela galáxia para um novo paraíso para chamar de lar. No entanto, está trancado em estado de guerra com um estranho inimigo chamado Vajra. Macross FB7 é o trabalho do 30º aniversário da franquia Macross.