No fundo do oceano, Lupin está mais uma vez em busca de um tesouro na esperança de ficar do lado bom de Fujiko. Enquanto Zenigata os persegue no mar e na terra, as pessoas ao redor da gangue começam a desaparecer misteriosamente. A névoa se aproxima e Mamo Kyosuke aparece em uma explosão de luz; ele afirma ser do futuro e busca vingança contra Lupin III pelo que Lupin XIII fez a ele. Mamo arremessa Lupin, Jigen, Goemon e Zenigata 500 anos no passado; Enquanto duas facções em guerra lutam por um santuário lendário dedicado à viagem no tempo, Lupin deve encontrar uma maneira de sobreviver ao passado para garantir seu futuro.