Dois anos se passaram desde o fim do "Sucessor Marciano Nadesico". Akito e Yurika desapareceram. Os Jovians e os terráqueos uniram forças e Ruri é agora o capitão de Nadesico B. À medida que a popularidade do Boson Jumping cresce, uma vasta rede de transporte foi desenvolvida. Chamado de Plano Hisago, esta rede de portais Chulip contém as respostas para os mistérios por trás das partículas de Bose e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, isso pode significar um grande problema. E há um grande problema. Um grupo dissidente marciano lançou uma ofensiva, deixando as Forças Unidas confusas e desesperadas. Tanto é assim, na verdade, que a antiga tripulação do Nadesico é chamada de volta ao serviço ativo para uma missão especial não sancionada - para salvar a todos nós. Este zoológico de desajustados tem o que é preciso? Quem vai ganhar a corrida pela tecnologia Boson? E o que diabos aconteceu com Akito e Yurika?