O Projeto Babylon é uma renovação massiva dos bairros de Tóquio, incluindo a criação de ilhas artificiais na baía. Utilizando "trabalhos", ou robôs criados com o propósito expresso de fazer trabalho, os arquitetos e equipes de construção são capazes de progredir com mais eficiência no desenvolvimento da revisão. Quando uma figura-chave na concepção do Projeto é encontrada morta após cometer suicídio em circunstâncias misteriosas, a unidade policial do Capitão Kiichi Gotou em Patlabor é encarregada de descobrir o que está acontecendo nesta situação bizarra.