Três anos após a conspiração do Projeto Babilônia ser resolvida, os membros da unidade Patlabor de Kiichi Gotou seguiram caminhos separados. Gotou permanece com a equipe Patlabor, acompanhado por Shinobu Nagumo, sua paixão romântica e camarada. Jogando com o ceticismo do público em relação à Força de Autodefesa Terrestre Japonesa, uma organização terrorista começa a trabalhar dentro das forças armadas para causar destruição e agitação civil em massa em todo o Japão. Nagumo descobre que o cérebro por trás da crescente conspiração terrorista não é outro senão Yukihito Tsuge, seu antigo mentor e amante.