Mesmo após o fim de uma guerra sangrenta, New Port City continua enfrentando momentos de grande tensão e violência. Desta vez, as coisas tomaram uma proporção ainda maior: após a explosão de uma bomba na cidade, um importante líder japonês foi morto, levantando suspeitas sobre a real intenção da ação. Para descobrir o que de fato aconteceu, a Major Motoko Kusanagi terá que colocar toda sua equipe da Seção de Segurança Pública 9 para trabalhar