A história desta quarta parcela ocorre em meio a sinais de reconstrução pós-guerra no inverno de 2028. As tensões estão aumentando em New Port City, à medida que são realizadas manifestações sobre os interesses de cartéis estrangeiros. Isso leva a um incidente de tiros envolvendo a polícia de choque. Tudo começou com uma infecção no cérebro cibernético lançada pelo terrorista "Fire Starter". Uma unidade ofensiva independente liderada por Motoko Kusanagi confia a supressão da situação a seus fantasmas e visa a sua própria justiça. Abaixo da superfície do incidente, está a "garota de lata" Emma e o "espantalho" Burinda Junior. Enquanto Kusanagi lida com o incidente, ela se aproxima do que aqueles dois fantasmas estavam procurando.