Segundo filme de Ghost in the Shell: Arise. Livre de suas responsabilidades com a Organização 501, Motoko Kusanagi agora precisa aprender a receber ordens de Aramaki. Alguém hackeia os Logicomas, e Batou pede a ajuda do ex-oficial de inteligência do exército Ishikawa e do ex-especialista em artilharia aérea Borma. Kusanagi também procura alistar o ás franco-atirador Saito e policial disfarçado de Paz na nova Seção 9 de Segurança Pública. Os dois grupos rivalizam entre si em um caso envolvendo um homem que recebe falsas lembranças de uma operação de transporte de refugiados.