A Seção 9 é uma agência do governo altamente secreta que trata de cyber-terrorismo e outros crimes relacionados. Kusanagi Motoko é uma importante oficial desta agência, e a ela é atribuido o caso do “Mestre das Marionetes”; um hacker de alta periculosidade que começa a roubar informações secretas do governo ao hackear o “ghost” de suas vítimas.