Nello Daas é um artista talentoso que mora em uma vila nos arredores de Antuérpia, na Bélgica. Ele ganha a vida vendendo leite em um mercado no meio da cidade ao lado de seu avô doente. Seu melhor amigo, Alois Cogez, é filha de seu insensível senhorio, que acredita que Nello está corrompendo sua filha e inapropriando sua classe. Irritado com a proximidade de Alois com um camponês, seu pai a manda para uma escola em Antuérpia para evitar que eles se encontrem novamente. Enquanto continua suas corridas diárias no mercado, Nello se depara com um concurso de arte em torno do famoso Peter Paul Rubens - um artista flamengo que ele tem em alta conta. O concurso não só oferece um prêmio monetário, mas também vem com a oportunidade de estudar arte em uma escola na mesma cidade que Alois está estudando. Agora com um objetivo em mente, Nello começa a pensar na peça perfeita, mas uma série de adversidades ameaçam acabar com seus sonhos prematuramente. No entanto, em todos os momentos, é seu cão leal, Patrasche, quem ele salvou à beira da morte nas mãos de um proprietário cruel. Enquanto Nello passa por várias dificuldades, Patrasche o apóia em todas elas. Flanders no Inu é um filme reimaginado que captura a história clássica entre um menino inocente e seu fiel melhor amigo canino enquanto eles atravessam juntos até o amargo fim.