Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji conhece estão quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade-01 Evangelion, ele é recuperado do espaço por Asuka e Mari, apenas para se encontrar um prisioneiro de Wille, uma facção militar liderada por seu ex-guardião Misato Katsuragi. Frios e amargos, seus ex-aliados o vêem com suspeita e se recusam a apoiá-lo quando ele chega a um acordo com as consequências de suas ações. Um Shinji magoado e confuso é resgatado de Wille por Rei e retorna ao quartel-general da Nerv. Lá, ele conhece e rapidamente torna-se amigo do enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e visão sobre o estado da guerra de Nerv com os Anjos. Mas a breve trégua de Shinji e Kaworu está na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais Anjos, mas ex-companheiros. Neste confronto amargo para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.