Quando a ameaça do anjo aumenta, a força de defesa da humanidade é levada ao seu limite, com Nerv na vanguarda da luta. Shinji Ikari e seu parceiro Rei Ayanami são assistidos por dois novos pilotos: o impetuoso Asuka Langley Shikinami e a misteriosa Mari Ilustre Makinami. Com a ajuda de suas unidades Evangelion mecanizadas, equipados com armas perfeitas para enfrentar seus oponentes monstruosos, as quatro jovens almas lutam desesperadamente para proteger seus entes queridos e evitar um apocalipse iminente. Mas quando segredos surpreendentes forem revelados, o maior desafio dos heróis será os monstros ... ou a própria humanidade?