Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano remanescente no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado para a sede da Nerv, uma organização clandestina liderada por seu pai distante, Gendou. Ele pede que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion, "um andróide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como" Anjos "que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana remanescente. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai, e concorda em ajudar no esforço perigoso da humanidade contra sua ameaça alienígena, como o piloto da Unidade Evangelion-01. Lançado no meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem necessária e determinação para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.