O navio de guerra Aegis Destroyer está realizando exercícios públicos na Baía de Maizuru, onde, coincidentemente, um navio estrangeiro suspeito foi avistado recentemente. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki e os Detective Boys recebem um ingresso para participar deste evento. No entanto, enquanto as operações militares em curso estão em curso, um dos membros da tripulação se depara com o braço esquerdo decepado de um tenente. Conan descobre mais tarde que um espião estrangeiro pode ter se infiltrado no navio de guerra para obter informações confidenciais por qualquer meio necessário. Se a informação vazasse, a linha de defesa do Japão seria exposta, deixando o país desprotegido de ataques hostis. Com a ajuda da polícia no mar enquanto outros amigos e aliados investigam no continente, Conan deve agora evitar essa crise nacional e identificar o espião pelo bem do Japão.