O dia importante da inauguração do novo metrô de Tóquio, a Linha Touto, chegou, mas um incidente de bombardeio interrompe todas as comemorações. O governador de Tóquio é pego pela explosão a bordo do trem, mas ele e todos os outros presentes são felizmente salvos pelo pensamento rápido e pelas ações de Conan Edogawa. Intrigado com o incidente, Conan pesquisa a história política do governador e descobre que o homem foi o responsável pela destruição de uma vila em Niigata para construir a represa Kitanosawa. Acreditando que o ataque está relacionado com a construção da barragem, Conan, acompanhado por Ran Mouri, Kogorou Mouri, Professor Agasa, Sonoko Suzuki e os Detective Boys, decide visitar a aldeia e investigar. Lá, eles conhecem um grupo de moradores que moravam na antiga vila antes de ser demolida. No entanto, assim como um mistério leva a outro, um dos moradores é assassinado. Suspeitando que algo muito mais sinistro está acontecendo, Conan promete descobrir a verdade por trás desses dois incidentes antes que seja tarde demais..