Uma noite, o Instituto Nacional de Microrganismos de Tóquio é atacado por uma misteriosa organização que se autodenomina "Gatos Siameses Vermelhos". O grupo causa a explosão de um laboratório de alta segurança que armazena um vírus – que dizem ter uma taxa de mortalidade de 80% sem cura conhecida. Este ato de terror domina as manchetes, ofuscando a inauguração do maior dirigível do mundo desenvolvido sob Jirokichi Suzuki. Curiosamente, a revelação tem uma nota anexada para Kaito "Kaitou Kid" Kuroba, desafiando-o a roubar a joia em exibição - a ilustre Lady Sky. Conan Edogawa está autorizado a embarcar no dirigível junto com Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, Professor Agasa e os Detective Boys. No entanto, sua diversão é interrompida quando um chamador desconhecido entra em contato com Jirokichi e declara que eles lançaram um certo vírus na sala de fumantes. Logo depois, os sintomas começam a aparecer entre os passageiros e o caos se instala. Aproveitando a oportunidade, os gatos siameses vermelhos aparecem de repente e sequestram o dirigível! Para deter os agressores, Conan e Kaitou Kid, juntamente com seus aliados, devem trabalhar juntos para decifrar as pistas e descobrir o verdadeiro objetivo dos Gatos Siameses Vermelhos antes que o tempo acabe.