Quinze anos atrás, em um trecho árido do Pacífico, um navio de cruzeiro colidiu com um iceberg e se perdeu no mar. Mais de uma década depois, Hideto Yashiro – um engenheiro naval – morreu em um acidente de carro fatal. A improvável conexão entre esses eventos só vem à tona no transatlântico de luxo St. Aphrodite durante sua viagem inaugural. A bordo em umas férias muito necessárias, Kogorou Mouri, sua filha Ran, Conan Edogawa e os Detective Boys desfrutam de uma viagem fornecida pela família de Sonoko Suzuki. Mas sua diversão logo é interrompida quando um jogo de esconde-esconde leva ao desaparecimento de Sonoko. Algum tempo depois, o CEO do grupo Yashiro, que construiu o St. Afrodite, é encontrada esfaqueada até a morte e seu pai desaparecido. Enquanto a investigação da polícia chega a um beco sem saída, Conan se aproxima do culpado. Não querendo ser preso, o culpado ameaça explodir o St. Afrodite e afundar todos os seus passageiros. À medida que o casco do navio se enche rapidamente de água, a verdade por trás dos assassinatos vingativos é finalmente revelada. Sem lugar para escapar, Conan e Kogorou devem lutar com o culpado indescritível antes que todos a bordo sejam arrastados para o fundo do oceano.