Sob o manto da escuridão, um samurai mascarado mata cinco homens em toda a metrópole do Japão: três em Tóquio, um em Osaka e o último em Kyoto. Em sua investigação, a polícia descobre que cada homem era um membro do Genjibotaru - uma gangue de ladrões centrada no roubo de estátuas e artefatos budistas e que atende pelos nomes de servos de Minomoto no Yoshitune. Sem um motivo claro ou pistas sobre a identidade dos outros membros, o caso se esgota até que um templo de Kyoto chama o famoso Kogorou Mouri. Tendo recebido uma carta anônima contendo um quebra-cabeça peculiar, os monges do templo pedem sua ajuda para resolvê-lo para recuperar sua estátua há muito perdida. Enquanto isso, Conan Edogawa e o detetive do ensino médio Heiji Hattori se unem para resolver o quebra-cabeça enigmático e encontrar o assassino, enquanto Hattori procura seu amor de infância. Com o conhecimento de Hattori de Kyoto, os dois vasculham as ruas e gradualmente descobrem a verdade, mas não antes que o assassino ataque novamente - matando outro membro do Genjibotaru e, após repetidas tentativas contra a vida de Hattori, eventualmente sequestrando a namorada de infância de Hattori. É apenas trabalhando juntos para trazer à luz pistas enterradas que Conan e Hattori podem esperar acabar com o derramamento de sangue do samurai desonesto e salvar o amor de Hattori.