A Arca de Noé - a mais recente tecnologia de RV e um marco da inovação humana - está preparada para ser uma vitrine para as crianças privilegiadas do Japão. Eles têm a honra de iniciar uma nova revolução nos jogos; no entanto, sua diversão despreocupada é interrompida quando um funcionário da empresa é encontrado assassinado, com sua mensagem moribunda apontando para uma pista escondida dentro da Arca. Junto com os Detective Boys e Ran Mouri, Conan Edogawa entra na Arca de Noé para resolver esse mistério e garantir que o criminoso seja pego. Mas uma vez que eles estão dentro da Arca, ela assume uma mente própria, aprisionando eles e as crianças dentro de seus mundos. Para escapar e levar o assassino à justiça, Conan e companhia devem navegar por uma Londres simulada do século 19 e rastrear o infame Jack, o Estripador – com a vida de 50 crianças inocentes dependendo deles.