Desde o falecimento do homem que se acredita ser o imperador mais perverso da Britannia há um ano, o mundo desfrutou de uma paz sem precedentes sob a orientação da Federação das Nações Unidas. No entanto, essa calma frágil é quebrada quando militantes armados sequestram com sucesso a ex-princesa Nunnally vi Britannia e Suzaku Kururugi. o principal conselheiro dos Cavaleiros Negros, provocando uma crise internacional. O poderoso e não confiável Reino do Zilquistão é acusado de orquestrar sua captura. Para investigar, as autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e seus associados em uma operação secreta no país. Lá, eles contram a bruxa imortal C.C., que está em uma missão para completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história - uma lenda que se levantará, assumirá o comando e salvará o mundo do perigo mais uma vez.