Um dia, quando Remu Mikage está em uma videochamada com sua irmã, Shiki, que viajou para a futurista Mega Float City da ilha de Okinotori para a escola, ela confessa que tanto o áudio quanto o visual dela são completamente artificiais. Para ser mais eficiente em seus estudos, Shiki tem usado nanomáquinas conectadas para carregar sua consciência em um computador e está armazenando seu corpo físico em um "pool de corpos". Embora chocado, Remu apoia a decisão de sua irmã, até que o desastre conhecido como "Arrebatamento Antecipado" aconteça. O Arrebatamento Precoce faz com que todos que carregaram suas consciências entrem em coma ou morram. Remu visita o apartamento vazio de sua irmã uma última vez, mas fica chocado quando Shiki chega à porta. Sem memória de sua família ou passado, e sendo perseguida por um grupo violento de pesquisadores, Shiki e seu irmão são forçados a fugir usando seu novo poder de manipulação de nanomáquinas.