Planeta Zi, um mundo onde guerreiros biomecânicos chamados Zoids vivem. Eles são controlados por pilotos humanos em uma guerra entre República e o Império Guylos. Um dia, um rapaz chamado Van encontra dois casulos escondidos em uma antiga ruína. Quando abre o primeiro casulo, ele descobre um estranho Zoid dragão Organoid que ele chama Zeke. Quando Van abre o outro casulo encontra uma misteriosa menina chamada Fiona. Eles se juntam em aventuras para descobrir mais sobre o seu passado e encontrar o Zoid Eve.