Catástrofes naturais devastaram o planeta Zi, matando quase toda a vida. Mil anos mais tarde os humanos gradualmente foram restabelecendo a civilização, resgatando os antigos Zoids através de esforços em mergulhos e escavação. Em uma aldeia cujo item mais antigo é uma espada gigante, que eles adoram como um símbolo sagrado, um adolescente descobre um antigo Zoid Liger durante uma operação em águas profundas. De repente, a aldeia é atacada por Bio-Zoids esqueléticos que querem roubar um poderoso gerador. O jovem então desperta o Liger e descobre que a espada sagrada da cidade é na verdade a arma Zoid Liger, e juntos, lutam contra os misterios Bio-Zoids. Pelo menos por enquanto...