Kimihiro Watanuki pode ver espíritos e outras criaturas sobrenaturais variadas, o que é uma habilidade bastante incômoda da qual ele não gosta muito. Certo dia, a caminho de casa, enquanto atormentado por alguns espíritos, ele é inexplicavelmente compelido a entrar em uma casa estranha. Lá, ele encontra Yuuko, uma mulher misteriosa que afirma ser capaz de livrá-lo da capacidade de ver e atrair criaturas problemáticas - por um preço. Ela exige que ele trabalhe em sua "loja" que concede desejos às pessoas, e assim começa as aventuras de Watanuki por meio de eventos estranhos e maravilhosos.