A amizade é a chave para proteger o mundo. Esse é o desejo de todos. Aqui em um mundo onde a ciência resolveu todas as questões. Esta história se passa em Oshima. A feliz e despreocupada Akane Isshiki, de 14 anos, viveu uma vida pobre, mas amada, junto com sua confiável irmã mais nova, Momo, que faz todo o trabalho doméstico, e seu avô, Kenjirou, um inventor genial que só criou dispositivos inúteis. Quando o tempo está bom, eles podem ver a ilha artificial, a Ilha Azul, do outro lado do mar. No centro dessa ilha ergue-se o revolucionário Motor de Manifestação, uma descoberta que resolveu os problemas de energia do mundo. É um futuro pacífico, como todos sonhavam. Uma onde todos podem sorrir e ser felizes... Mas de repente, o mundo é visitado pelo perigo. Um inimigo desconhecido, o Alone, aparece, mirando no Manifestation Engine. Como nenhuma de suas armas funcionou e eles caíram em desespero, uma garota solitária se posiciona vestindo um "Palette Suit" vermelho que exerce um grande poder oculto. Muito antes, aliados se reúnem ao redor dela para lutar.