A Cross Academy é um internato de elite com duas classes separadas e isoladas: a Day Class e a Night Class. Na superfície, Yuuki Cross e Zero Kiryuu são prefeitos da academia, e tentam manter a ordem entre os alunos enquanto as aulas giram à noite. Como a Night Class está cheia de elites absolutamente lindas, isso às vezes pode ser um pouco difícil. É completamente necessário, no entanto, como essas "elites" são na verdade vampiros. Yuuki e Zero atuam como guardiões, protegendo os segredos da Night Class e a segurança de suas contrapartes matinais ignorantes. Como filha adotiva do presidente da academia, Yuuki assume seu trabalho com uma atitude séria e enérgica. Também permite que ela interaja com sua paixão secreta e salvador, o dormitório dos estudantes do presidente da Noite, Kaname Kuran. Zero, por outro lado, tem um ódio profundo contra vampiros e, às vezes, não hesita em matar. Vampiros e humanos podem coexistir, mesmo na estrita configuração da Academia da Cruz? Só o tempo irá dizer.