O ano é 2199. A raça humana foi esmagada em sua guerra com os Gamilos, dirigindo-se para cidades subterrâneas contra assalto invasor. Os cientistas estimam que eles têm apenas um ano. Os jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke Shima encontram uma cápsula misterioso de um navio que fez um pouso de emergência em Marte e voltar com ele para a Terra. Ela contém a última esperança da humanidade: o planeta Iscandar do outro lado da galáxia Magellan tem a tecnologia para derrotar os Gamilos e restaurar o planeta. O Yamato é incumbido desta tarefa, mas eles têm apenas um ano antes do fim da humanidade.