Hitomi Kanzaki é apenas uma estudante comum de 15 anos com interesse em cartas de tarô e adivinhação, mas uma noite, um menino chamado Van Fanel de repente aparece do céu junto com um dragão vicioso. Graças a uma premonição de Hitomi, Van mata com sucesso o dragão, mas um pilar de luz aparece e envolve os dois. Como resultado, Hitomi se vê transportada para o mundo de Gaia, uma terra misteriosa onde a Terra paira no céu. Nesta nova terra, Hitomi logo descobre que Van é um príncipe do Reino de Fanelia, que logo é atacado pelo império do mal de Zaibach. Na tentativa de combatê-los, Van embarca no antigo guymelef Escaflowne de sua família - um traje de batalha mecanizado - mas não consegue derrotá-los, e Fanelia acaba destruída. Agora em fuga, Hitomi e Van encontram um belo cavaleiro asturiano chamado Allen Schezar, a quem Hitomi fica chocada ao descobrir que se parece exatamente com sua paixão da Terra. Com alguns novos aliados ao seu lado, Van e Hitomi lutam contra as forças de Zaibach enquanto o império se esforça para reviver um poder antigo.