Neku Sakuraba, um garoto de 15 anos com um hobby por música e grafite, acorda no que parece ser o distrito comercial de Shibuya, em Tóquio, Japão. Sem saber por que ele está ali, ele abre a mão para perceber que está segurando um estranho alfinete preto. Depois de sacudi-lo com a mão, os pensamentos das pessoas ao seu redor começam a fluir em sua cabeça de uma vez. Surpreso, Neku descobre que é capaz de ler as mentes dos outros e assume que isso tem algo a ver com o alfinete preto que ele está segurando. Um celular começa a tocar em seu bolso e ele não sabe se é seu ou não. Uma mensagem de texto aparece: "Alcance 104. Você tem 60 minutos. Falhe e encare a obliteração. - Os Ceifeiros." Depois de descobrir que ele não pode excluir a mensagem, um cronômetro de 60 minutos aparece em sua mão direita. Neku está em Shibuya para jogar o "Jogo dos Ceifeiros", que dura um total de sete dias. Todos os Jogadores têm um alfinete preto com uma caveira embutida nele.