A história de Steins;Gate é protagonizada pelo cientista maluco e excêntrico Okabe, que luta para se recuperar de uma tentativa falha de resgatar Kurisu. Ele decide desistir e abandona seu alter ego de cientista animado, numa jornada para esquecer o passado. Quando tudo parece estar normal, ele é de alguma forma puxado novamenmte para o passado quando uma conhecida de Kurisu, que lhe diz que começaram a testar um novo dispositivo que armazena as memórias de um gumano e cria uma simulação dele com suas características e personalidades. Okabe começa a testar e descobre que a simulação de Kurisu trouxe de volta angústia e tragédias inesperadas. Zero é uma história secundária que explora os eventos do futuro do Campo Beta Attractor, que contribui para a criação do fim da história original.