Aoi Nagisa se transfere para uma das três escolas católicas filiadas exclusivamente para meninas em Astraea Hill, a St. Miator's Girls 'Academy. Lá, ela descobre uma comunidade de colegas estudantes entrelaçados em uma hierarquia intrincada, na qual dois Etoiles representam as três escolas. Para se encaixar, Nagisa precisa ir às aulas, entrar em clubes e fazer novos amigos. Enquanto isso , Shizuma Hanazono, a única Etoile de Astraea Hill, sente-se atraída por esta nova e excitante estudante transferida. Conforme Shizuma e Nagisa se conhecem, Shizuma finalmente decide que é hora de enfrentar seu passado conturbado.