Death City é o lar da famosa Death Weapon Meister Academy, uma academia técnica liderada pelo Shinigami – o próprio Lord Death. Sua missão: levantar "Death Scythes" para o Shinigami usar contra os muitos males de seu mundo fantástico. Essas foices da morte, no entanto, não são feitas de armas físicas; em vez, eles nascem de híbridos humanos que têm a capacidade de transformar seus corpos em Armas Demoníacas, e somente depois de consumirem as almas de 99 seres malignos e a alma de uma bruxa. Soul Eater Evans, um Demon Scythe que só parece se importar com o que é legal, pretende se tornar um Death Scythe com a ajuda de seu portador certeiro, ou meister, Maka Albarn. A dupla contrastante trabalha e estuda ao lado do Black☆Star de cabeça quente e sua arma carinhosa Tsubaki, bem como o próprio filho do Shinigami, Death the Kid, um portador duplo obsessivo-compulsivo de pistolas gêmeas Patty e Liz. Soul Eater segue esses estudantes de Shibusen enquanto eles assumem missões para coletar almas e proteger a cidade das ameaças do mundo enquanto trabalham juntos sob o sol risonho para se tornarem mais saudáveis ​​​​em mente, corpo e alma.