Tatsumiyajima é a ilha central no meio de um pequeno aglomerado de ilhas, em um remanso sonolento das ilhas japonesas. Não acontece muita coisa lá, e os jovens da ilha vão para a escola sabendo que suas vidas provavelmente permanecerão pacíficas e imperturbáveis. Ou então eles foram ensinados... mas a verdade é diferente. O destino da humanidade está em jogo, e Tatsumiyajima é a última linha de defesa contra um inimigo hostil e incompreensível. No centro de tudo, lutando pela existência contínua da Humanidade, está o gigante robô Fafner, o dragão que guarda este último tesouro da humanidade.