A história segue as aventuras de Nagate Tanikaze, que viveu na camada subterrânea de Sidonia desde o nascimento, criado por seu avô. Nunca encontrando ninguém, ele treinou em um velho simulador de piloto Guardião todos os dias, tentando dominá-lo. Após a morte de seu avô, ele é encontrado pelo resto da população e selecionado como piloto Guardião, na esperança de defender Sidonia do ataque do Gauna usando suas habilidades de combate em circulação.