Shin Ikkitousen é uma continuação direta de Ikkitousen. “Magatama” são acessórios que contém a essência de grandes heróis que lutaram durante a era chinesa dos Três Reinos, há 1800 anos, e foram espalhadas com a esperança de unificar o país. Aqueles que herdaram esses acessórios são guerreiros chamados “Toshi”, que agora estão travando batalhas no Japão moderno. Finalmente, começam a ser vistos sinais que indicam o fim da luta pelo poder na região de Kanto. No entanto, Himiko da Academia Yamashiro, que governa a região de Kansai, coloca seu plano de caça às Magatamas em movimento e dirige-se a Kanto para retirar as Magatamas de seus guerreiros. Enquanto isso, na região de Kanto, uma nova Toshi chamada Sonken Chubo é transferida para a Academia Nan'yo. No entanto, devido à ausência de Sonsaku Hakufu, a líder de Nan'yo e também irmã de Chubo, Chubo se torna a líder temporária. Ao mesmo tempo, Himiko envia as assassinas Yamada Asaemon e Indara para invadir a escola, significando morte certa para Chubo e os outros Toshi. Existe alguma razão oculta pela qual Chubo está sendo alvo tão implacavelmente? Um novo capítulo começa onde os pensamentos e sentimentos de todos, seja por causa da família ou dos líderes, convergem!