Após os eventos de Senki Zesshou Symphogear G, Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari e Chris Yukine continuam a operar sob o comando de Genjuurou Kazanari. Enquanto isso, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki e Shirabe Tsukuyomi são levadas em custódia protetora. Com a paz restaurada, todos voltam às suas vidas diárias; Contudo, o aparecimento da alquimista Carol Malus Dienheim e seus subordinados - os "Auto-pontuadores" - ameaça levar todos de volta ao conflito.