A história de Sakurada Reset se passa em Sakurada, uma cidade onde muitas pessoas possuem poderes sobre-humanos. Ken Asai é um garoto que tem memória perfeita e consegue memorizar qualquer coisa que veja, enquanto Misora Haruki pode voltar no tempo em 3 dias. Juntos, eles podem viajar no tempo sem perder suas memorias do futuro. Ken e Misora desejam usar seus poderes para salvar uma colega de classe que morreu tragicamente há 2 anos, mas uma organização secreta que monitora a cidade de Sakurada quer impedi-los de mexer com a linha do tempo.